摄部事，刘瑾也认为，由他掌握部事可以放心，屡次派人与李东阳商议。李东阳以“无此例”回绝，刘、焦二人还要纠缠，李东阳举出三点，说明此二事实难兼摄。其一，内阁佐天子出令，吏部拟升调官，间有可否，难道自拟议之，又自可否之？其二，吏部廷跪承旨，内阁班首立听，若相兼摄，将出跪而更起立邪？其三，部事差谬，章奏错误，则要回话认罪，直至罚俸。那么，作为阁臣也要随同认罪乎？焦芳想了想，确实有道理，便辞去了部事。再者，四川镇守太监罗籥要求便宜行事之权。这实际上是刘瑾的意愿。

李东阳力言不可，说：太祖定官制，在外三司，都司管兵而不管钱粮，布政司管民而不管军马，按察司管纠劾刑名而不管军马钱粮，其权分而不专。后来的巡抚、总兵、镇守内臣等，抚安军民，防御贼寇，其权虽同而不专。“若并付镇守衙门，任其进止，非唯事体不便，恐镇守一人亦自担当不起。”③镇守内臣便宜行事一款，终未如刘瑾愿施行。

当然，在刘瑾权势极大膨胀的形势下，更改吏部尚书人选和限制镇守内臣权势，只能是“小有剂救”。李东阳的最大作用，则在于保护了一批被治罪的官员。如果不是他勉力调节，会有更多官员死在刘瑾的严厉打击下。正德二年（1507）闰正月，由刘瑾定罪，尚宝司卿崔璇、湖广副使姚祥被枷于长安左右门外，工部郎中张玮枷于张家湾，期限为一个月。刘瑾创用一百五十斤的大枷，受刑者不数日则死。①五天后，李东阳等进言，崔璇等“各人所犯，自有本等罪名。若枷号，乃至重之典，死生系焉”，此三人“以侍从部署，亦曾效微劳，一日不谨，致罹重法，命在旦夕，实可矜怜”。他希望武宗“少霁威严，特加宽贷，或遵法司，依律问拟，则轻重适中，恩威并著，既已见爱民之仁，亦不失待士之体”。又过了五天，对崔璇等“姑从轻释，发铁岭卫永远充军”②。

次年六月，发生匿名文簿案。刘瑾召百官跪于奉天门下，至暮，执三百余人送镇抚司究问。李东阳奏：“匿名文字出于一人，其阴谋诡计，正欲于稠人广众之中掩其形迹而遂其诈术也。各官仓卒拜起，岂能知见？况一人之外，皆无罪之人，今并置缧绁，互相惊疑。且天时炎热，狱气薰蒸，若拘挛数日，人将不自保矣。”他提出，先将众官释放，再密加体察，置之典刑，③使得大批官员所面临的危难局面有所缓解。

正德四年（1509）闰九月，刘瑾欲置平江伯陈熊于死地。李东阳力争。

刘瑾说，陈熊所犯罪重，不宜姑息。
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