北洋军既然节节胜利，袁世凯系的升官图便在南方出现，段芝贵仍兼第一军军长，升上将，实授江西宣抚使；张勋亦升上将，段芝贵的右司令王占元兼湖南护军使。

上海方面因南京革命军失败，亦功败垂成，袁世凯命第四师师长杨善德为松江镇守使，郑汝成为上海镇守使，海军总长刘冠雄为福建都督。广东和四川两地解决得最快而不吃力，袁世凯派龙济光、觐光兄弟为广东正副镇守使，龙济光升上将继任粤督，陈炯明出走。四川方面熊克武虽宣告独立，但为时只一月就解职下野。

湖南独立的局面，主要受湖北的压迫，以及广东独立失败的影响，遂使湘督谭延闿和湘军师长赵恒惕功亏一篑，不就湖南为环境所迫取消独立，随后袁世凯令汤芗铭率楚有等四艘浅水舰驶入岳州，派第三师曹锟部进驻岳州，又以袁世凯系的卅九混成旅旅长伍祥祯为岳州镇守使。这样一来，湖南便完全落入袁世凯的掌握中。

讨袁军相继失败后，孙中山乃乘德轮约克号离沪，本意拟去广东，不料次日经马尾，日本驻福州领事馆武官多贺京之来告，驻粤将领张义权、苏慎初已与龙济光勾结，接受袁世凯的任命，恐不安全，孙中山乃决定改赴台湾。行前召见随行同志梅光培、李朗如，令梅、李两人先至香港，自己则偕胡汉民去台湾，并把随身所带全部款项600元交梅、李备用。梅、李拒不肯受，胡汉民劝他们接受，大家黯然话别，分道而行。

孙中山偕胡汉民抵台后，张继、马君武亦随后赶至。这时各地的讨袁军都相继失败，孙乃转去日本，不料袁已要求日本拒绝孙上岸，幸孙得船长的掩护，以及国民党在日本的负责同志丁怀瑾（石僧）的布置，日本友人萱野长知的协助，才得在神户秘密登岸。这时随侍孙在神户的是胡汉民和廖仲恺，丁怀瑾则往来东京、神户各地，对外连络。

随后，北京总检察厅秉袁世凯命下令通缉二次革命首要，以黄兴、陈其美、钮永建、何海鸣、岑春煊五人为宁沪倡乱首魁，其余孙中山、张继、李烈钧、柏文蔚、谭人凤、陈炯明亦在通缉之列。不久，黄兴、陈其美、居正、戴传贤、邵元冲、邓铿、田桐等亦先后亡命至日本。

这一次战争的结果使得北洋军源源进入南方各省，除了广西、贵州、云南、四川省外，其他南方各省都成为了北洋军及其附属军的征服地，袁家天下已囊括了全国十分之九。至于桂、黔、滇、川四省为什么没有给北洋军侵入，一来是这四省的都督都不是属于国民党系，二来是这四省地处偏远，袁觉得鞭长莫及
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