首先，由叶群向毛主席告状，说罗瑞卿有向林彪伸手要权的野心，并提到吴法宪可以作证。随后，在中央于上海召开的会议上，吴法宪绘声绘色地说，罗瑞卿曾要刘亚楼转告叶群四条意见，大体意思是林彪身体不好，早晚要退下来，要放手让罗总长管军队。

一九六五年，林彪、叶群授意吴法宪诬陷罗瑞卿，吴法宪便充当了诬陷罗瑞卿的小丑的角色。按他们的事先密谋，由叶群向毛主席告罗瑞9即的状，说罗瑞99d向林彪伸手要权，反对突出政治，要篡军反党，并且说，吴法宪可以作证。“特殊时期”中，罗瑞卿倍受摧残，以致左腿伤残。在“特殊时期”中，林彪要打倒不听他的话的杨威武、余立金、傅崇碧，也要吴法宪出面搞诬陷。吴法宪也就按这个意旨，搞起了诬陷。吴法宪主要是在陷害空军政委余立金方面出力最多。在“特殊时期”中，吴法宪受林彪的指使，先后出面诬陷过朱德、贺龙、刘伯承、陈毅、叶剑英、徐向前。在“特殊时期”中，林彪的势力急剧上升，林彪的野心也膨胀起来，以他为核心的反革命集团也逐步形成。一直效忠林彪的吴法宪，自然成了这个反革命集团的骨干之一。在一九六九年党的九大召开时，经林彪推荐，吴法宪当上了中央政治局委员，又出任中央军委办事组副组长、中国人民解放军副总参谋长，同时，继续担任空军司令员，成为林彪在军队中的重要亲信之一。一九七一年九月十三日，林彪在他们的反革命阴谋败露的情况下，与叶群、林立果等乘“三又戟”出逃，摔死在蒙古人民共和国的温都尔汗。自此，林彪反革命集团的问题完全暴露在全党、全国人民面前。作为林彪反革命集团的骨干成员之一的吴法宪，自然也被众人注目。一九七一年九月二十四日，中央命令吴法宪离职反省，彻底交待。经毛主席同意，九月二十九日中共中央发出通知，通告了中央对包括吴法宪在内的林彪集团骨干的处理办法，指出：已令他们离职反省，彻底交待。

此时，吴法宪被正式隔离审查。一九七三年八月，吴法宪被开除党籍。一九八一年一月二十五日，中华人民共和国最高人民法院特别法庭确认吴法宪是林彪反革命集团主犯之一，判处他有期徒刑十七年，剥夺政治权利五年。

晚年生活吴法宪被隔离审查时，认罪态度就比较好。吴法宪十分配合提审，每次问他问题，他必然回答，回答时，是从心里悔罪的。吴法宪在回答提问时，还一边讲，一边往前移动自己坐的椅子，以便靠近提审的同志。往往谈到最后，吴法宪已经坐到了提审同志的这边，成了和提审的
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