天正六年，三岛村上水军在木津川口为织田水军的铁甲船大败。使毛利方痛失以往在水上的战斗优势。同时，河野家也意图削减村上通总征收帆别钱的利益，要求上缴一部份给主家河野氏。至此，村上通总自父辈以来对河野氏长年来的不满终於爆。就心理学角度来分析，村上通总对河野氏当主之位有著潜在的渴望，人对本有机会却又不再可能入手的利益有著最大的不甘与野心，对父亲本来有机会可继为河野当主却不成，有著相当的怨气，尤其当时通总年纪仍小，所以更容易因为对事情的看法不成熟而有著自我判断黑白的刻板印象留存，而在心中潜藏了对河野氏的不忿，甚至有意愿替父亲夺来这家督之位，这样的心理状态其实就跟东晋时桓温逼位不成，後来其幼子桓玄继而行之的行为相若。
天正七年，村上通总联合风早郡鹿岛城城主二神丰前守和来岛村上氏一族的葛笼屑城主村上吉高向河野氏树起反旗，透过秀吉的使者接触织田方，并且攻灭灵仙山城的中川氏和幸门城正冈氏，後二神丰前守意图袭杀野间郡高仙山城主池原通成，但是以失败告终，於是二神丰前守随即进攻高仙山城，但是再度兵败。投入来岛城依附通总。当时通总起兵，未得到重臣村上吉继的认同，於是以吉继为，仍有一部份家臣依然留在河野家。翌八年，葛笼\屑城主村上吉高被河野氏攻破，同年九月通总进攻风早郡柳原时也为横山城主南通师所阻。
天正十年三月，村上通总，正式投向织田家，毛利家为防因岛、能岛两家村上水军有相同行为，於是要求两家再度重申盟约，後联合出兵声讨来岛村上家，同时以能岛村上氏为主攻入越智郡大岛、风早郡忽那岛和来岛村上氏交战，尽管村上通总和二神重成一度击退来犯的毛利军，但是在因岛村上氏、河野氏也加入战局後，在兵力悬殊下村上通总先於惠良山城战败，後於当年六月，龙门城、灵仙山城相继陷落，连居城来岛城亦不保，最後村上通总为逃生与兄长得居通年持舟越海至备中上岸，投向羽柴秀吉阵营。後在京都时，羽柴秀吉以「来岛」代称时任秀吉侧近的通总，於是通总遂於此改以居地为姓，将姓氏由「村上」易为「来岛」改名来岛通总。
自织田信长於本能寺之变中横死後，毛利家与羽柴秀吉再不敌对，而秀吉也在山崎会战讨伐明智光秀、贱岳之战打败柴田胜家後成功取代信长的地位，天正十二年时在秀吉的命令下来岛通总自村上武吉处取回了失去两年多的来岛城。後於天正十三年秀吉起四国讨伐时，来岛通总随毛利军进行伊予侵攻。担任小早川军的
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