当吉鸿昌、方振武等人打起讨蒋联军的大旗，并提出“攻下北平，讨伐蒋贼”、“打到北平吃月饼”的口号时，原本由同盟军而带来的抗日色彩已经完全消失，这支部队已转变成了挑起内战的武装。

此前，南京当局和北平方面虽然派出军队在察哈尔附近集结，对方、吉两部加以威慑，但因对方打着抗日大旗，加上回到察哈尔的宋哲元和方、吉等人又有着西北军共事的情分，因而尽管大军云集，但这些当局的部队并未向抗日同盟军开过一枪

而现在，吉鸿昌部队中的中共势力已公然活动，方振武部与其重新联合后又抛弃了同盟军的抗日大旗，变成了讨蒋联军，聚集在察哈尔及平津等地并听命于南京当局的各路大军自然不会再对方、吉等部留情。

当9月21日，方、吉所部近万兵力进占怀柔、密云，引发日军再次出兵的动向时，南京当局和北平方面已下决心要解决掉这支部队。

而在日军武力恫吓下，以前高举抗日旗帜的方、吉两部却按照日军限定的时间，在3日内撤离了怀柔、密云，不敢真个与日军相抗。实际上，在抗日同盟军拿下多伦的鼎盛时期，也一直是与伪军在作战，并未同日军发生过任何直接战斗。

眼见北平方面调兵遣将，即将形成对方、吉两部的合围，10月2日，就在方、吉两部联合土匪王英部攻击昌平的时候，中共前委书记柯庆施见势不妙，以到北平向上级汇报工作为由，私自离开了讨蒋联军。

随后，讨蒋联军又经过与当局部队的几番作战，走投无路下，方、吉两人被迫派人去北平求和。最终，吉鸿昌逃亡天津法租界，方振武逃亡香港，而其残部则被商震的32军所收编。由抗日同盟军转为讨蒋联军，前后不到半年时间，这支队伍就在各方势力的角逐下烟消云散。

就在讨蒋联军走到末路的时候，10月12日，由杨虎城出任剿匪总指挥，孙殿英、马鸿逵为副总指挥的各路大军开始从几个方向上对人民军发起第三次围剿。

按照青马、宁马和孙殿英等人的意思，早就应该开打了，可因南京和西安之间在作战方略上产生的分歧，一直拖到10月中旬，战斗才打响。

为了解决双方的分歧，协调进剿“民匪”，老蒋曾派时任军委会训练总监的朱培德和参谋次长葛敬恩一同前往西安了解具体情况，才最终达成妥协，确定了眼下“南北对进，东西合击”的作战方略。

导致南京和西安之间争执的源头，却是胡宗南于8月份就围剿“民匪”一事而给老蒋
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